สำนักวิชาการ มหาวิทยาลัยธนบุรี ได้รับการจัดตั้งเป็นหน่วยงานภายในของมหาวิทยาลัย เมื่อปีการศึกษา 2549 เป็นหน่วยงานที่มีหน้าที่หลักในการประสานงานด้านวิชาการ กับคณะ/สาขาวิชา และหน่วยงานอื่น ๆ อย่างมีประสิทธิภาพ และบรรลุตามวัตถุประสงค์ของมหาวิทยาลัย และปฏิบัติงานในลักษณะงานเลขานุการของรองอธิการบดีฝ่ายวิชาการ โดยมีบุคลากรประจำสำนักวิชาการ จำนวนทั้งหมด 4 คน ซึ่งปฏิบัติงานตามภารกิจหลัก ได้แก่
1) งานหลักสูตรและมาตรฐานวิชาการ
2) งานพัฒนาคณาจารย์
3) บริการข้อมูลด้านวิชาการ
4) งานแผนงานและประกันคุณภาพวิชาการ
5) งานสำนักงาน
6) งานอื่น ๆ ที่ได้รับมอบหมาย
ในปีการศึกษา 2566
สำนักวิชาการได้ประเมินผลการดำเนินงานของสำนักวิชาการ
โดยการประเมินตนเองตามองค์ประกอบคุณภาพของสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา (สกอ.)
ในองค์ประกอบที่
1, 6 และ 8 ซี่งมีจำนวนตัวบ่งชี้ที่ 1,
10, 11, 12 รวม 4 ตัวบ่งชี้
ซึ่งมีผลการดำเนินงาน ดังนี้